Mit der Krönung von Kurfürst Friedrich III.  zum König Friedrich I. von Preussen wurde Ruhrort preussischer Besitz. 
1715 wurde der  Bau des Hafens  beschlossen. Der erste Spatenstich war am 16. September 1716. Nach 3 Wochen  war eine natürliche Ruhrschleife, 250 m lang und 20 m breit, fertiggestellt.
1753 wurde der Hafen gründlich überholt und 1766 von der preussischen Regierung übernommen.
1780 war die Ruhr schiffbar von Herdecke bis Ruhrort. Freiherr Ludwig von Vincke, der Oberpräsident von Westfalen, wurde Direktor der Ruhrschiffahrtsverwaltung. Der Vinckekanal trägt heute seinen Namen.
1820 wurde der Hafen erweitert, der Inselhafen gebaut und die Zufahrt mit dem ersten Hafenbecken verbunden.
1826 gründete man den Rhein-Kanal Aktienverein, der 2 Jahre später mit dem Ausbau des Rheinkanals, dem späteren Aussenhafen, begann. Der Dickelsbach floss durch Duisburg zum Rhein. An der Einmündung in der Nähe des Marientors wurde 1832 der Zollhafen als Freihafen eröffnet. 2 Jahre später gründete man den Ruhrkanal Aktienverein, der aus dem "Verein der Kohleverschiffung auf Ruhr und Rhein" in Duisburg hervorging.
1840 baute man den Schleusenhafen in Ruhrort mit einem Durchstich zum Inselhafen und eine Verbindung zur Ruhr durch einen Kanal mit einer Schleuse am Hafenzugang.
1844 war die Eröffnung  des "Hafenbassin", des jetzigen Innenhafens, mit einem Anschluss an den Rheinkanal und einer Anbindung an die Ruhr durch einen 1 Kilometer langen Kanal. Dieses Hafenbassin wird westlich durch eine Sperrschleuse und östlich durch eine Kammerschleuse begrenzt.
1848 kam die Köln-Mindener Eisenbahn in den Duisburger Hafen. Die Häfen erhielten den Anschluss an diese Bahn mit einem Zweiganschluß nach Oberhausen.
1850 wurde der Ruhrorter Eisenbahnhafen gebaut. Die ersten Hüttenwerke entstanden am Rheinufer und bauten eigene Werkshäfen für den Materialumschlag. Der Dickelsbach wurde bis zur Sperrschleuse und der Nord-Südhafen in Ruhrort ausgebaut.
1860 beschloss man den Zusammenschluß beider Kanal-Vereine  zum "Rhein-Ruhr-Kanal-Aktien-Verein". 
1864 wurde der  Rheinkanal vertieft, die Schleusentore erneuert und die Kanalmündung ausgebaut.
1873 wurde die Eisenbahnbrücke von Hochfeld über den Rhein nach Rheinhausen gebaut.
1874 legte die Rheinische Bahngesellschaft  in Hochfeld den Nordhafen, den Südhafen und den Kultushafen an.
1890 baute man den Kaiserhafen und verbesserte die Hafenmündung.
1899 übernahm die Stadt Duisburg die Häfen vom Rhein-Ruhr-Kanal-Aktien-Verein. Sie baute einen Hafenbahnhof, einen Wendeplatz im Innenhafen und den Holzhafen. Der Innenhafen wurde erweitert.
1899 wurde der Parallelhafen gebaut.

1890 wurde die Schiffahrt auf der Ruhr oberhalb von Mülheim eingestellt. Die Entwicklung des Hafens ging weiter. 1891 wurde eine Schifferbörse gegründet. Ihr Gebäude steht in der Nähe der Einmündung der Ruhr. An ihrem Steiger liegt der alte Schlepper Oskar Huber, ein Museum mit Erinnerungen an die Schiffahrtsentwicklung.

1900 plante Ruhrort den weiteren Ausbau und Duisburg den Bau eines  Hafens am Rhein in Neuenkamp.
1905 werden die Duisburger und Ruhrorter Häfen in der Gesellschaft "Verwaltung der Duisburg-Ruhrorter Häfen". zusammengeschlossen. Aus den Städten Ruhrort, Meiderich und Duisburg wird die Stadt Duisburg. Der Bau des Hafens in Neuenkamp wird abgebrochen. 
1903-1908  wurden der Hafenkanal mit den Hafenbecken A, B und C und der neue Bahnhof "Duisburg-Ruhrort-Hafen" gebaut. Der Hafenkanal war die Zufahrt zu dem seit 1906 im Bau befindlichen Rhein-Herne-Kanal.
1914 wurden der  Inselhafen teilweise und der Schleusenhafen ganz zugeschüttet, der Vinckekanal gebaut und der  Anschluß  an das westdeutsche Kanalnetz über den fertigen Rhein-Herne-Kanal hergestellt.
1918 wurde der Rhein-Ruhr-Hafenbetriebsverein e. V. gegründet.
1926 erfolgte die Umgründung der öffentlichen Häfen in die Aktiengesellschaft "Duisburg-Ruhrorter Häfen AG". Die staatlichen Häfen in Ruhrort, die städtischen Häfen in Duisburg und die der Bahn gehörenden Häfen in Hochfeld und Ruhrort gehörten nun zu zwei Dritteln Preußen und zu einem Drittel der Stadt Duisburg. Bis zum Beginn des zweiten Weltkrieges entwickelte sich Duisburg - unter Einbezug von Hamborn - zu einer Grosstadt mit ca 500 000 Einwohner.Der Hafen wurde grösster Binnenhafen der Welt.

Ein  Vorteil der Erneuerung waren moderne Konzepte für den Wandel  der traditionellen Transportsysteme  Schiff, Bahn und Straße. Der Warenumschlag im Duisburger Hafen hatte  hohe Wachstumsraten. In den  60er Jahren löste  Mineralöl die  Kohle ab. Pipelines wurden zwischen den Ruhrorter Häfen und den Raffinerien des Ruhrgebietes gebaut.  Mineralölprodukte nahmen nach dem Erz und vor der Kohle die zweite Stelle der Güter ein. Danach  folgten Eisen und Stahl, Kies und Sand, Schrott und Getreide.

1968 wurden 2/3 des Kaiserhafens, der Hellinghafen und der Zollhafen zugeschüttet.
1980 wurde die  "Neue Schleuse Duisburg-Meiderich" zum Rhein-Herne-Kanal dem Verkehr übergeben,
1982 der Nordhafen in Hochfeld zugeschüttet.
1983 der  Vinckekanal ausgebaut und probeweise die Schubschiffahrt mit sechs Leichtern durchgeführt.

1998 wurde die Hafen Duisburg-Rheinhausen GmbH zum Ankauf des 215 ha Geländes des ehemaligen Krupp-Hüttenwerks in Rheinhausen gegründet. Das Logport-Logistic-Center Duisburg GmbH zur Entwicklung und Vermarktung des Krupp-Geländes wird gegründet.

Ein Importkohleterminal der Ruhrkohle  AG auf der Kohleninsel in Ruhrort wird inbetrieb genommen.
1999  startet die Firma New Wave der japanischen Großreederei NYK, auf dem Logport-Gelände. ECT Duisburg Terminals nimmt das 3. Containerterminal inbetrieb. Eine vierte Lagerhalle wird im  Freihafen gebaut und die Verfüllung des Kaiserhafens wird abgeschlossen. 24 ha neue Fläche wurden gewonnen. Die Interspe Hamann Group des britischen Logistikunternehmens P&O zieht im  Logport ein.